عدم بینش عمیق و جامع در تحلیل حیات پربرکت رئیس مکتب شیعه و تاکید و تمرکز صرف بر فعالیت فکری و فرهنگی امام، نتیجه ای جزاعتراف ضمنی به پذیرش شعار مکتب سکولاریسم در جدایی دین از سیاست نخواهد داشت!
بی تردید اقتضای طبیعت جامعه اسلامی آن روز در جهت حریت فکری و آزادمنشی، ثبات نسبی و آرامشی را ایجاد کرده بود که تداوم نهضت علمی به پا خاسته از سوی امام محمدباقر علیه السلام را برای فرزند ایشان میسور نمود. نهضتی مبارک که در بحبوحه تزلزل حکومت بنی امیه و در زمانی که داعیه داران حکومت و خلافت به جنب و جوش درآمده بودند، فرصت ظهور و اشاعه یافته بود.
کناره گیری امام صادق علیه السلام از امر حکومت و خلافت، در دورانی که “الرضا من آل محمد” شعار رهبران بنی عباس بود، عده ای را برآن داشته تا فعالیت سیاسی امام را انکار کرده و بر زندگی مسالمت آمیز با کفر مهر تایید بزنند! اما آیا عقل سلیم، در ترسیم ساده لوحانه ی این فرض، توجیهی برای شهادت امام از سوی دستگاه خلافت خواهد آورد؟! چگونه است که حاکمی چون منصور دوانیقی، چندین و چندبار مقدمات قتل فردی را فراهم می آورد که تنها به بحث و مناظره و ترویج علوم دینی پرداخته است؟!
مفهوم سیاسی و معترضانه نهضت علمی و فرهنگی امام در تاسیس فقه جعفری در برابر فقه رسمی مشخص می شود که به منظور رسواسازی عدم صلاحیت دینی دستگاه خلافت و تبیین موارد تحریف دین در فقه رسمی و درباری، صورت پذیرفت، به نحوی که امام عملا به معارضه با دستگاه خلافت پرداختند.
آری! درست است که نگرانی امام از عدم تضمین تحقق اهداف اسلام در نظام جدید حتی پس از پیروزی، مانع از قیام ایشان در برابر طاغوت شد، اما عدم مشروعیت بخشی به دستگاه خلافت در بطن و متن کلام و رفتار امام آشکار بود نَحْنُ قَوْمٌ فَرَضَ اَللَّهُ طَاعَتَنَا وَ أَنْتُمْ تَأْتَمُّونَ بِمَنْ لاَ یُعْذَرُ اَلنَّاسُ بِجَهَالَتِهِ . و شهادت نتیجه چنین تفکر عمیق و درک عالی از شرایط سیاسی و اجتماعی آن زمان بود … 
